計算機科學與工程學院 (原資訊科技學院) 創建於2000年，是大學最早的四個學院之一，擁有從學士、碩士到博士的完整人才培養體系。目前理學學士學位課程設有：計算機科學、電子與信息工程和軟件工程三個專業；理學碩士 (資訊科技) 學位課程設有：計算機與資訊系統、通訊工程和太空資訊技術三個專業，以及應用數學與數據科學碩士課程；而理學博士學位課程設有：計算機技術及其應用、電子資訊科技和太空資訊技術三個專業，先進網絡博士學位課程，以及人工智能博士學位課程。歷年來，學院已培養了近1339名理學學士，425名理學碩士，以及123名理學博士。
2021年，澳門科技大學的計算機科學專業，在泰晤士高等教育 (times higher education) 發佈的2022年世界大學學科排行榜中，位列世界101-125區間；以及在上海軟科於2021年發佈2021「軟科世界一流學科排名」(shanghairanking’s global ranking of academic subjects) 中，位列世界151-200區間，此次排名的對象為全球500 餘所大學。
近年來，學院的研究取得長足進步。2019-2020學年，學院的研究經費為七千五百萬澳門元 (69個項目)， 經費來源包括： 澳門特別行政區科學技術發展基金、國家自然科學基金、澳門高等教育基金等。 科睿唯安 (原湯森路透) 於2021年7月發佈的「基本科學指標資料庫」(essential science indicators，簡稱esi) 統計數據顯示，澳門科技大學的計算機科學首次進入相關學科領域全球高校及科研機構排名前1%。學院的科研成果為此做出了重要貢獻。為了進一步推動研究項目的開展，學院還申請獲得七百多萬澳門元的經費，並於2019年建立了澳門最先進的gpu族服務器。